Come tutto il Madagascar anche l'isola di Nosy Be ha subito una estesa deforestazione a causa della pratica agricola basata sul metodo del "taglia e brucia". Oggi la maggior parte delle foreste dell'isola è di tipo secondario, con numerose specie arboree introdotte (Kapok, Jack fruit). Lungo la linea costiera sono abbondanti le formazioni di mangrovie.
